Hrdina hry Counter-Strike: Reboot sa bude musieť s vašou pomocou zúčastniť dvanástich misií. Keďže obsah je prísne tajný, ciele sa odhalia až po dokončení predchádzajúcej misie. Prvý sa volá Alpha a vašou úlohou je odraziť útok teroristov, ktorí chcú dobyť vašu základňu. Na iných misiách budete musieť plniť ďalšie úlohy, ako napríklad: oslobodzovanie rukojemníkov, ničenie teroristických základní, čistenie mín atď. Všetky misie sú časovo obmedzené, v Counter-Strike: Reboot musíte riešiť problémy rýchlo a efektívne.
