Zdalo by sa, že pre Batmana sa mali netopiere stať priateľmi, alebo aspoň pomocníkmi, no v Batman cool to tak nebude. Myši, ktoré zaútočia na hrdinu, boli vystavené škodlivému žiareniu, ktoré napravilo ich malé mozgy a zmenilo priateľov na zaprisahaných nepriateľov. Super hrdina sa pokúsil opraviť myši, ale nepodarilo sa mu to. Nainštaloval špeciálny kryštál, ktorý vysielal vlny, no tie nefungovali. A ak áno, ten istý kryštál dokáže zničiť nahnevané hlodavce. Vašou úlohou v hre Batman cool je nasmerovať strely na ciele a cestou ničiť myši.
