Hra Pixel Legyfare Wars sa začne pri výbere regiónu, ktorý sa zhoduje s vašimi, pretože táto hra je multiplayer. Ďalej vyberte určiť umiestnenie. Môžete si vybrať z už vytvorených alebo si vytvoriť svoj vlastný. Počet nepriateľov možno tiež určiť nezávisle. Vyčistíte miesto v zložení oddelení, ale ak ste zastrelení, misia zlyhá. Akonáhle sa vykonajú všetky prípravné práce, choďte von a preskúmajte miesta pri hľadaní cieľov vo vojnách Pixel Legyfare. Zbrane sa dajú časom zmeniť.
