Fabrika na výrobu animatroniky je už dávno zatvorená, no už tam zmizla desiatka strážnikov a treba s tým niečo robiť. Bolo rozhodnuté zatvoriť továreň a pevne ju utesniť. Najprv však musíte vyčistiť a zničiť zvyšky animatroniky, ak nejaké existujú. V hre FNAF Shooter sa vyzbrojíte dvoma pištoľami súčasne a idete sa pozrieť do dielní. Čaká na vás prekvapenie: ukázalo sa, že existuje ešte viac zlých hračiek, ako pred zatvorením továrne. Celý ten čas si potajomky zaviedli sebareprodukciu a na každej úrovni pred vami vyskočí jeden po druhom animatronici. A práve máte čas ich zastreliť v FNAF Shooter.
