Zdá sa, že pre ninjov vo Flip Ninja neexistuje nič také ako gravitácia. Dokáže vyskočiť a následne spadnúť s rovnakou obratnosťou, pričom vždy stojí pevne na oboch nohách. Samotné skákanie mu preto nerobí problém, no skúškou sa stane to, čo je vo vesmíre. Ostré šurikeny a iné prepichovacie a rezné predmety vyletujú zľava a sprava. Treba si vybrať moment, keď je cesta voľná a až potom skočiť. Za každý úspešný skok získate jeden bod a ak sa vám podarí chytiť ovocie: červené alebo zelené, vo Flip Ninja získate tri body naraz.