K apokalypse môže dôjsť z rôznych dôvodov, v hre Apocalypse Run pomôžete hrdinovi, ktorý bol v centre apokalypsy, ktorá sa objavila v dôsledku povstania strojov. Umelá inteligencia, ktorej vzhľad bol tak očakávaný a tak obdivovaný pre jej rýchly rozvoj, sa rozhodla, že teraz nepotrebuje ľudí. Navyše sú dokonca škodlivé, pretože všetko robia zle, často sa správajú iracionálne, ničia životné prostredie a zabíjajú svoj vlastný druh. V mysli stroja sa vytvorilo silné presvedčenie, že človek je hlavným zlom na planéte a musí byť zničený. Tak sa začalo systematické ničenie ľudstva a hrdina Apocalypse Run sa tomu chce vyhnúť a vy mu pomôžete bojovať s robotmi.
