Jedna z kolónií pozemšťanov na vzdialenej planéte bola napadnutá rôznymi druhmi vesmírnych škodcov. Vy v hre Space Pest Annihilation budete musieť pomôcť svojej postave zničiť všetkých škodcov. Pred sebou na obrazovke uvidíte svoju postavu oblečenú v skafandri. Bude v určitej oblasti so zbraňami v rukách. V diaľke od neho uvidíte červy rôznych farieb. Budete musieť na nich namieriť zbraň a zacieliť. Pomocou špeciálnej stupnice umiestnenej vľavo budete musieť vypočítať silu svojho výstrelu a keď budete pripravení, urobiť ho. Ak správne vezmete do úvahy všetky parametre, náboj zo zbrane zasiahne červy a zničí ich. Za to dostanete v hre Space Pest Annihilation určitý počet bodov a postúpite do ďalšej úrovne hry.