Na jednej z planét, kde sa usadila kolónia zemníkov, cudzinci zostúpili z vesmíru. Usadili sa na inom kontinente a nakoniec sa rozhodli zachytiť celú planétu. Medzi dvoma rasami vybuchla vojna a vy ste v hre Fuse Cell ako pilot bojového robota. Budete musieť vstúpiť na územie nepriateľa a zničiť jeho kontrolný bod. Na ceste sa budú lietať nepriateľské roboty a ich pozemné inštalácie. Budete neustále vyhodený. Budete musieť obratne manévrovať vzduchom neustále na streľbu proti nepriateľovi a zničiť ich. Ale tu je problém, že môže dôjsť k vyčerpaniu vašich zbraní. Preto musíte použiť špeciálne blesk na zachytenie niektorých predmetov a tým načerpanie nábojov vašich zbraní.
