Potom, čo hrdina hry Mr Bullet: Stealth Ninja Killstreak utrpel príbuzných v dôsledku akcií mafiánskej skupiny, vydal sa na vojnovú cestu a rozhodol sa pomstiť. Pre ninju je to vec cti. Dokončite úrovne dokončením úloh. Mafiánski bossovia vrhnú celý svoj arzenál na ich obranu. Pred ďalším útokom by ste sa mali zamyslieť a vybrať si vhodnejší typ zbrane. Ninja sa už nespolieha len na svoju šikovnosť. Zničenie mafie si bude vyžadovať serióznejší prístup. Hrdina sa musí utiecť do krytu. A potom mieriš a ninja automaticky zastrelí Mr Bullet: Stealth Ninja Killstreak.
