Miniatúrny pixelový hrdina vezme Micro Metroid na cestu svetom mikroplatformy v štýle Metrovania. Pomôžte mu prejsť nebezpečnými oblasťami na plošinách a bude ich stále viac. Dávajte si pozor na prevody a vyberajte si miesta, kde môžete vyskočiť na plošinu a ísť ďalej. Po ceste budú vlajky – to sú kontrolné body, ktoré vám poskytnú miesto, kam sa hrdina vráti, ak sa dostane na hroty alebo spadne z plošiny v Micro Metroid.