Na každej úrovni sa pred vami objaví pár hrdinov úplne odlišných úrovní. Môžu to byť celkom obyčajní chlapci alebo dievčatá, super hrdinovia atď. Na začiatku Persona Runner uvidíte účastníka, z ktorého musíte vytvoriť to, čo sa vám pred behom zobrazilo. Hrdina musí zbierať niečo, čo zvýši červenú alebo modrú farbu na stupnici. Najprv sa rozhodnete, ktorá farba by mala prevládať, a zbierajte len to, vďaka čomu rastie. Ak je jeho úroveň na cieľovej čiare viac ako polovica mierky nad hlavou hrdinu, dokončíte úroveň. A skromný bežec sa v Persona Runner zmení na brilantného hrdinu.
