Mladý samuraj dostal dôležitú úlohu a chce ju splniť čo najrýchlejšie a najlepšie, aby dokázal sám seba a ukázal, že za niečo stojí. Cieľ jeho misie sa nedozviete, je utajovaný, ale v Samurai run záleží na vás, či hrdina dosiahne svoj cieľ. Aby bol hrdina včas, bude neustále bežať bez toho, aby sa pozrel na svoje nohy. Vašou úlohou je zabrániť, aby spadol do diery alebo nevybuchol na bombu, ktorých bude na plošinách veľa. Hrdina môže vďaka svojmu plášťu nielen rýchlo bežať, ale aj skákať vysoko a dokonca sa aj trochu vznášať, používať ho ako padák. Pri pristávaní sa uistite, že oblasť je bez bômb a iných nebezpečných predmetov v samurajskom behu.
