Ninja sa práve vrátil z túry a rozhodol sa navštíviť svoj rodný kláštor, kde študoval a svojho obľúbeného učiteľa, ktorý mu dal obrovské množstvo vedomostí a naučil ho ovládať svoje telo a ducha. Našiel mníchov v zúfalstve a veľkej frustrácii. Deň predtým červený samuraj napadol kláštor a ukradol zbierku starých kameňov s runami. Ide o posvätné kamene, ktoré sa v kláštore uchovávali po stáročia. Náš hrdina prisahal, že všetko ukradnuté vráti a okamžite sa vydal na cestu. Pomôžte hrdinovi v hre Ninja Run splniť jeho posvätnú misiu. Ninja bude bežať a budete mu pomáhať skákať cez prekážky a cez nepriateľov v čase a zbierať kamene.
