Mimozemská loď havarovala niekde v púšti na vzdialenej a neznámej planéte Zem. Mimozemšťan neplánoval pristáť na našej planéte, ale jeho loď stratila kontrolu pri zrážke s meteoritom a havarovala. Pilotovi sa podarilo prežiť, no jeho pád nezostal bez následkov. Radary a satelity zachytili neznámy objekt a na miesto havárie okamžite prileteli vrtuľníky. Mimozemšťan potrebuje ujsť, nechce sa stať objektom na experimentovanie. Pomôžte mu rýchlo bežať a obratne skákať cez kaktusy a iné prekážky a zbierať mince. Z času na čas vás v hre Alien Runner zachytí helikoptéra a vypáli na vás rakety.
