Ninja sa rozhodol natiahnuť si nohy a behať po meste a zbierať mince. V hre Ninja Runner sa stretnete s hrdinom a pomôžete mu zariadiť mestský parkour. Pre hrdinu neexistujú neprekonateľné výšky, na chlapíka môžete niekoľkokrát kliknúť a on skočí na ľubovoľný vrchol: plošinu, vežu a ďalší vrchol. Po prebehnutí úrovne môžete prejsť na ďalšiu, ale buďte opatrní, na nových úrovniach budú ďalšie prekážky vo forme ostrých hrotov, na ktoré nemusíte skákať, aby ste nestratili životné srdce. Ostrých prekážok je stále viac, čo znamená, že budete musieť byť veľmi rýchly a obratný, aby ste zachránili ninju pred stratou životov v hre Ninja Runner.
