Všetko sa časom mení a zmenil sa aj svet Maria. Ak boli predtým známi všetci nepriatelia a nebolo ich toľko, teraz sa stali skrytými a nebezpečnejšími. V hre Super Mario Vs Mafia bude náš odvážny inštalatér musieť čeliť veľkej mafiánskej skupine. Navonok sú to solídni chlapi v čiernych oblekoch, ale v skutočnosti sú to skutoční banditi, navyše krutí a nemilosrdní. Pomôžte hrdinovi vysporiadať sa so všetkými zločincami. V rukách hrdinu pravdepodobne prvýkrát uvidíte silnú ručnú zbraň. Zásoba munície na každej úrovni sa bude meniť v závislosti od situácie, ale vždy bude menšia, ako je potrebné. Každý výstrel preto musí dosiahnuť cieľ. Jednou guľkou môže hrdina zničiť niekoľko banditov súčasne, ak sú v rovnakom pruhu alebo pomocou ricochety v hre Super Mario vs. Mafia.
