Stalo sa už dobrou tradíciou, že super hrdinovia z vesmíru Marvel vyrazia sami proti armáde príšer. V Batman Commander pomôžete Batmanovi odraziť útoky príšer z vesmíru. Veľmi nepríjemné tvory, podobné rozprávkovým škriatkom, budú útočiť zo vzduchu aj zo zeme. Aby sa hrdina nestal ľahkým cieľom, bude neustále v pohybe, teda behať. Na úteku musíte strieľať na nepriateľov, ktorí sa pohybujú smerom alebo útočia zhora. Šikovnosť a šikovnosť sa od vás vyžaduje. Úlohou je získať maximálny počet bodov. Hrdina má tri životy, ich počet sa odráža v ľavom hornom rohu. Keď sa stretnete s nepriateľom, jeden život v Batman Commander zmizne.
