Mladý chlapec Kjóto sa pripojil k tajnému rádu ninja bojovníkov. Poslali ho do hôr do špeciálneho chrámu, kde sa nachádza Akadémia, kde sa trénujú všetky začínajúce vojny. Dnes má náš hrdina školenie a vy mu pomôžete viesť ho v hre Ninja Academy. Pred sebou na obrazovke uvidíte svoju postavu, ktorá stojí na nádvorí chrámu. Pod ním bude umiestnený špeciálny panel s ovládacími klávesmi. S jej pomocou budete usmerňovať akcie svojho hrdinu. Objekty sa pred ním objavia z rôznych strán. Vy vedúci hrdina im budete musieť zasadiť presné údery pomocou rúk alebo nôh. Každý váš presný zásah vám prinesie určitý počet bodov. Po nacvičení úderov prejdete k vypracovaniu rôznych techník.
