Nie nadarmo sa náš ninja dlhé roky vyčerpával trénovaním vo vysokohorskom kláštore. Vďaka nim sa stal najlepším vo svojom podnikaní, super rýchly a super agilný. A teraz osud sveta, v ktorom chce žiť, závisí od jeho schopností a schopností. V atómovej elektrárni hrozí výbuch. Nachádza sa ďaleko od obývaných oblastí, ale ak dôjde k výbuchu, bude mať takú silu, že sa to nikomu nebude zdať. A z hrdinovej rodnej dediny neostala ani hŕstka popola. Musíte sa dostať na stanicu za pár minút a vypnúť reaktor. Stále sa to dá zvládnuť, ale okrem nindžu nemá nikto takú rýchlosť. Bude však musieť bežať, obísť veľa prekážok a tu sa nezaobídete bez toho, aby ste mu pomohli dokončiť úrovne skôr, ako vyprší čas v hre Nuclear Ninja.
