V ďalekej budúcnosti sa vedci naučili zmenšovať objekty na mikroskopické veľkosti. Dnes sa v hre Spore Hunter rozhodli vyslať pilota na špeciálne lietadlo, aby preskúmalo mikrosvet. Váš hrdina bude musieť letieť po určitej trase a preskúmať tento svet. Tvorovia pozostávajúce zo spór zaútočia na nášho hrdinu. Zadané čísla budú v nich viditeľné. Znamená to, koľko zásahov musíte urobiť, aby ich stvorenie zničilo. Šikovne manévrovanie na svojej lodi na ňu zastrelí z vašej zbrane a zničí spóry.
