Medveď Banjo spolu so svojou sestrou žije v hlbinách lesa. Ako jeden deň sa naša postava prebudila a zistila, že jeho mladšia sestra chýba. Teraz v hre Banjo-Kazooie mu pomôžeme nájsť ju. Na pomoc sa naša postava obrátila na magický vták Kazue. Po magickom rituáli zachytila cestu a preletella po nej. Teraz bežíte hrdina bude musieť behať za ňou bez toho, aby zaostal. Buďte opatrní na tom, ako budete mať pasce a budete riadiť hrdina bude musieť prinútiť ich, aby skočil nad nimi. Niekedy sa môžete stretnúť s rôznymi agresívnymi monštrami a budete ich musieť zničiť.
