Mafia v Japonsku sa nazýva Yakuza a je to veľmi závažná zločinecká organizácia, ktorá funguje mimo zákona podľa vlastných pravidiel. Ak niečo potrebuje, vezme si to bez ohľadu na životy a potreby tých, ktorí im stoja v ceste. Samurai vs Yakuza vám predstaví samuraja, ktorý chce zachrániť svoju dedinu. Banditi si ju obľúbili kvôli starobylému chrámu, ktorý sa nachádza na jej území. V tomto chráme sa nachádza niekoľko cenných figúrok, ktoré chcel šéf Yakuzy vlastniť. Náš hrdina sa postavil do cesty celej mafiánskej armáde a s vašou pomocou odrazí útok lupičov v čiernom rúchu v Samurai vs Yakuza.
