Hrdina hry Final Ninja sa považuje za posledného ninju svojho druhu. Nepriateľskému klanu sa podarilo vyhladiť všetkých hrdinových príbuzných, ale on sa nevzdá. Aj keby mal zomrieť, má v úmysle vziať so sebou všetkých svojich nepriateľov. Medzitým musíte nájsť brloh nepriateľov a na to budete musieť prekonať veľa prekážok. Pohybujte sa šípkami a kliknutím na tlačidlo myši vyhadzujte shurikeny. Ak pri hádzaní podržíte kláves, môžete sa chytiť a vytiahnuť sa na vyššie plošiny, na ktoré nemôžete skočiť vo Final Ninja.
