Migrácia vtákov je každoročná migrácia vtákov do teplejších oblastí. Keď príde jeseň, mnoho druhov vtákov zamieri na juh, aby prežili chladnú zimu. Jednou z nich sú kačice a v hre pomôžete jednej kačici prekonať náročný let. Najprv si však musíte vybrať postavu z hrdinov predstavených v hre: Pam, Mac, strýko Dan, Gwen a Dax. Ktorýkoľvek z nich poslúchne vašu kontrolu. Zápletka filmu Migration Flappy Duck spočíva v tom, že váš vták zapadol za kŕdeľ. Keď všetci jej príbuzní odleteli, jej krídlo bolo poškodené, no teraz sa zahojilo a môžete sa pokúsiť dohnať kŕdeľ a letieť spolu. Najprv však budete musieť v Migration Flappy Duck prekonať množstvo prekážok a energicky mávať krídlami bez prestávky.
