V Matrixe vzniklo niekoľko prototypov a jeden z nich s číslom 09435 sa ukázal ako najúspešnejší. Toto je digitálny chlapec, ktorý sa začal úžasne rýchlo rozvíjať a čoskoro chcel preskúmať vonkajší svet. Našiel spôsob, ako opustiť matrix a vydal sa na cestu k Prototype Guyovi. Tvorcovia sa rozhodli nezasahovať do chlapíka, žiadajú vás, aby ste mu pomohli prispôsobiť sa a prekonať prekážky. Je potrebné preskakovať ostré hroty a hranaté roboty. Mimochodom, roboti môžu byť zničení skokom priamo na nich. Ak prekážku neprekoná, hrdina začne v Prototype Guy odznova.
