V hre Atom War sa vydáte do sveta, kde žijú najmenšie častice, ktoré nazývame atómy. V tomto svete sa začala vojna a vy sa jej zúčastníte. Na obrazovke pred vami uvidíte svoj červený atóm. Bude mať určitú veľkosť a okolo neho bude viditeľné malé silové pole. Okolo vášho atómu sa začnú objavovať ďalšie častice s modrou farbou. Budete ich musieť starostlivo preskúmať a nájsť tie, ktoré sú menšie ako veľkosť vašej postavy. To znamená, že tieto častice sú slabšie ako váš atóm. Budete ich musieť prenasledovať a potom zaútočiť. Zničením modrého atómu získate body a vaša postava bude väčšia a silnejšia.