Voda alebo akákoľvek iná kvapalina podľa zákonov gravitácie bude stekať dole, ak si nájde cestu von, hoci aj malú trhlinu. Vo Water Flow 3D ju musíte nechať voľne tiecť, aby ste naplnili štvorcové nádoby nižšie. Počet nádob sa bude líšiť, ale musíte si uvedomiť, že do nich možno naliať iba tekutinu zodpovedajúcej farby. Za týmto účelom otvorte uzávery v správnom poradí. Niekedy musíte vo Water Flow 3D miešať tekutiny a rozbíjať sklenené priečky ťažkými guľami. Existuje veľa úrovní a sú rôznorodé v nastavovaní úloh.