V starovekom Japonsku existoval poriadok bojovníkov Ninja, ktorí bojovali proti rôznym nepriateľom štátu a príšerám. Dnes sme v hre Ninja Defender pomôžeme jednej vojne vstúpiť do chrámu a plniť úlohu vedúceho jeho poriadku. Náš hrdina, ktorý prechádza chrámom, prenikne do svojich sál. Bude napadnutý rôznymi príšerami. Naša postava bude používať zbrane veľmi podobne ako bumerang. Pohodlne ho do nepriateľa, narazíme na neho a potom sa objekt vráti späť. Budeme musieť posunúť postavu tak, aby ju odradil, a tak znova vyhodil. Ak nemáme čas na to, stratíme zbraň a stratíme kolo.
