Na jednej z planét, ktoré boli kolonizované Pozemšťania niekoľkých základní, kde ľudia žili, pracovali a študovali povrch planéty. Ale jedného dňa, nie je ďaleko od jedného z cudzincov pristál. Prvé spúšťacie nastal s jedným z pátracie skupiny a tie Pozemšťania uchýlil do svojej základne. Ste v hre Alien obrany bude mať velenie ozbrojených síl. Na ceste, ktorá povedie k základni budú podporované mimozemšťanmi. Je potrebné vybudovať systém opevnení pozdĺž nej. Koniec koncov, vo vežiach sa bude nachádzať zbraň, ktorá môže zničiť nepriateľov. V spodnej časti panelu sa bude nachádzať na ich ikony. Musíte vybrať požadovaný a presunúť na hracej ploche. Tak budete vytvárať ochrannú a obrannú líniu.
