Hádanky v Brain Line Connect vás prinútia hádať, keď budete dostávať čoraz náročnejšie úlohy. Herné prvky sú bodky, ktoré budete spájať s prihliadnutím na rôzne prekážky. Spojenie musí byť nepretržité, bez zdvíhania ruky. Nemôžete kresliť pozdĺž tej istej čiary dvakrát. Hra má štyri časti, každá s desiatkami úrovní. Prirodzene, štvrtý diel je oveľa ťažší ako prvý. Nebudete však môcť naň prepnúť; časti, ako sú úrovne, musia byť dokončené jeden po druhom v Brain Line Connect.
