Hra Ball Trek Genesis Edition vás pozýva postaviť sa na počiatok vesmíru, celý proces bude vyzerať ako puzzle s loptičkami. V skutočnosti sú modré gule planéty, ktoré v budúcnosti vytvoria slnečnú sústavu. Úlohou je viesť sériu loptičiek cez bludisko, aby ste sa dostali k bielemu východovému portálu. Počas pohybu je potrebné zbierať batérie a to je predpoklad. Aby sa loptičky nezasekli v slepých uličkách, musíte použiť rôzne príkazy pomocou kláves E, C, Q, X. Môžete zmeniť ovládanie loptičiek, čo vám umožní pohybovať sa dopredu aj dozadu. Na každej úrovni budú pridané nové prekážky, ktoré je potrebné niekam umiestniť, aby uvoľnili miesto pre lopty v Ball Trek Genesis Edition.