Armáda toaliet Skibidi zaútočila na veľkú metropolu a prišlo to ako úplné prekvapenie. Pomerne dlho nikto o týchto mutantoch nepočul. Boli opakovane porazení a zvrhnutí zo sveta a dokonca aj armáda bola stiahnutá z veľkých miest a presmerovaná na vojenské základne. Záchodové monštrá zrejme prevádzkujú inteligenciu na veľmi vysokej úrovni, a tak vyslali svojich bojovníkov v čase, keď obyvateľov nemal kto chrániť. Preto sa proti nim budete brániť v hre Skibidi Ninja. Váš hrdina bude vyzbrojený mečom, no ovláda ho majstrovsky. Pred vami na obrazovke uvidíte miesto, v ktorom sa objavia toalety Skibidi pohybujúce sa rôznymi rýchlosťami. Budete musieť vybrať ciele a zasiahnuť ich ničivými údermi. To je možné vykonať pomocou myši. Len si predstavte, ako zasadíte rezný úder a švihnete po tom záchodovom monštre, pričom držíte ľavé tlačidlo. Takto rozrežete Skibidi Toalets na kúsky a získate za to body v hre Skibidi Ninja. Buďte opatrní, medzi vašimi súpermi môžu byť bomby. V žiadnom prípade by ste sa ich nemali dotýkať. Ak sa dotknete čo i len jednej bomby, dôjde k výbuchu a prehráte kolo. Na splnenie misie nemáte k dispozícii veľa pokusov, preto je dôležité dávať si pozor a nepomýliť sa.