Farebné bežce, ktorým budete pomáhať v hre Pixel Run, sú tvorené malými okrúhlymi pixelmi. Sú krehké a môžu sa zlomiť aj pri najmenšom náraze do prekážky. Vzhľadom na to musíte svojho človiečika chrániť, aby obratne manévroval a vyhýbal sa všetkým prekážkam. Ak to nie je možné, vyberte si menšiu prekážku, aby hrdina prišiel o minimum tela. Zároveň si nenechajte ujsť guličky, ktoré doplnia stratené pixely. Aj keď hrdina dorazí do cieľa na jednej nohe alebo bez hlavy, úroveň sa započíta. Prehráte, ak mužíček takmer zmizne, to by v Pixel Run nemalo byť povolené.