Sonic má príležitosť vysporiadať sa so svojím starým nepriateľom Knucklesom. Modrý ježko dostal nečakanú informáciu o polohe svojho protivníka a mieni tam ísť. Spolu so svojím priateľom a asistentom Tailsom sa hrdinovia vydajú na ostrov lietadlom. Po pristátí sa stretnú s Knucklesom, no ten rýchlo zmizne. Musíte pomôcť Sonicovi a jeho priateľovi prenasledovať zloducha. Na ostrov umiestnil veľa pascí, aby ho nikto nemohol dostihnúť, ale Sonic sa nedá zastaviť a vy budete prísne kontrolovať pohyb hrdinu, ktorý mu zabráni naraziť na ostré hroty. Zbierajte prstene, ktoré budú hrdinovi v Sonic 3 & Knuckles vždy užitočné.
