Takzvané lietajúce ryby existujú, ale nevznášajú sa na oblohe ako vtáky, ale môžu len na krátky čas vyskočiť z vody. Hrdinka hry Flappy Fish je obyčajná ryba klaun, ktorá sa ocitne v ťažkej situácii. Rozhodla sa zmeniť svoje proutkanie, pretože tam, kde predtým žila, sa to výrazne zhoršilo. Voda je upchatá, podvodné rastliny sa nevyvíjajú, všetko odumiera a potrava sa hľadá čoraz ťažšie. To prinútilo ryby ísť hľadať lepší život. V ceste však stáli strašné prekážky v podobe kotiev s reťazami. Niečo také ešte chúďatko nevidelo. Budete musieť ísť touto cestou medzi ostrými kotvami a musíte pomôcť rybe vo Flappy Fish.