Princezná Peach bola opäť unesená, Bowser sa nemôže upokojiť a je čas odísť do dôchodku, ale stále mu doprajte krásu. Mário potrebuje vyraziť na cestu a tiež nie je prvou sviežosťou. Po prvýkrát inštalatér zapochyboval o svojich schopnostiach a rozhodol sa pozvať Sonic na pomoc, pretože vedel, ako môže rýchlo bežať a skákať vysoko. Medzitým, kým príde Sonic, môžeš ovládať Maria a pomôcť mu zbierať mince a skákať po Bowserových stúpencoch. Potom môžete prejsť na Sonica, ten však bude musieť zbierať prstene, no obaja hrdinovia majú rovnaký cieľ – zachrániť princeznú v Super Mario a Sonic.
