Ninja je hrdinom mnohých hier a v Carrot Ninja vyzerá veľmi ako obyčajná mrkva. Tak to je - toto je mrkvový ninja a má v úmysle dostať sa do ďalšej pagody na každej úrovni. Toto je účel hrdinu. Pomôžte mu obratne skákať po plošinách, ak je to možné, zbierajte mince. Ďalej na úrovniach budú ďalšie prekážky v podobe robotických ježkov a iných problémov, ktoré je potrebné preskočiť. V pravom hornom rohu nájdete počet mrkvových životov v podobe zelených listov. Akonáhle ich spotrebujete, úroveň bude musieť byť reštartovaná v Carrot Ninja.