V smere k malej osade v Japonsku sa pohybuje oddiel lupičov. Zabíjajú však miestnych obyvateľov a plieňujú dedinu. Odvážny ninja bojovník sa postavil na ochranu miestnych obyvateľov. Vy v hre Phase Ninja pomôžete hrdinovi bojovať proti zloduchom. Pred vami na obrazovke bude viditeľná oblasť, v ktorej sa bude nachádzať vaša postava. Nepriateľská jednotka sa bude pohybovať jeho smerom. Pomocou rôznych vrhacích zbraní a luku so šípmi môžete ničiť protivníkov na diaľku. Keď sa nepriateľ priblíži, vytasíš meč a pustíš sa do boja na blízko. Úderom meča na nepriateľa ich zničíte a získate za to body. Po smrti nepriateľov si budete môcť pozbierať trofeje, ktoré z nich vypadnú.
