V tretej časti hry Sonic Advance 3 budete aj naďalej pomáhať odvážnemu Sonicovi a jeho priateľom bojovať proti šialenému Dr. Evilovi. Blázon chce postaviť celé mesto, v ktorom bude pestovať príšery. Na to bude potrebovať kamene Chaosu. Sonic ich musí najskôr nájsť. Pred vami na obrazovke bude viditeľná vaša postava a jej spoločník. Pomocou ovládacích kláves budete ovládať akcie oboch hrdinov naraz. Budete ich musieť prinútiť pohybovať sa po mieste a starostlivo všetko skontrolovať. Hľadajte kamene a predmety roztrúsené po celom mieste a zbierajte ich. Na svojej ceste narazíte na prekážky a pasce, ktoré budú musieť vaši hrdinovia preskočiť. Ak sa stretnú s príšerami, postavy ich budú môcť obísť alebo ich zničiť zapojením sa do bitky. Za zabíjanie protivníkov dostanete body v Sonic Advance 3.