V blízkosti malej dedinky v Japonsku sa objavili živí mŕtvi. V noci sa potulujú po osade a lovia ľudí. Odvážny ninja bojovník Kyoto dostal od cisára rozkaz zničiť zombíkov. Vy v hre Ninja Versus Zombie v tom pomôžete ninjovi. Pred vami na obrazovke bude oblasť, v ktorej sa bude nachádzať vaša postava. Pomocou ovládacích kláves budete riadiť akcie ninju. Bude musieť bežať vpred terénom a pozorne sa rozhliadať. Po ceste bude môcť zbierať zlaté mince a iné predmety roztrúsené po celej lokalite. Hneď ako stretnete zombie, zaútočte na ňu. Pomocou rôznych zbraní z ninja arzenálu budete v hre Ninja Versus Zombie ničiť zombíkov a získavať za to body.