Malé kolónie, kde ľudia žijú oddelene a sú spokojní s tým, čo sami vyprodukujú, existujú na našej planéte všade. A cudzinci tam spravidla nemajú radi. Hrdina hry Colony Escape 2 ale práve takéto komúny a život v nich študuje, a tak do kolónií vstupuje bez povolenia, kým ho nevylúčia. N. a tentokrát nechce čakať, kým ho vyhodia. Vstúpil na zakázané územie, kým tam nikto nebol a mieni sa odtiaľ nepozorovane dostať. Vašou úlohou je otvoriť všetky dvere a získať prístup ku všetkému v Colony Escape 2
