Hrdina hry Super Portal Maze 3D sa ocitol v trojrozmernom logickom bludisku. Nie je celkom obyčajný. Namiesto tradičných chodieb, ktoré vedú rôznymi smermi, rozdvojujú sa a snažia sa všetkých zmiasť, uvidíte len jednu miestnosť a niekoľko okrúhlych východov rôznych farieb. V miestnosti je vlajka na dokončenie, ku ktorej musíte doručiť hrdinu a rôzne nebezpečné prekážky. Úlohou je dostať sa k vlajke pomocou špeciálnych portálov. Spravidla sú spárované. To znamená, že zadaním jedného vyjdete z druhého. Zamyslite sa a vyberte si dvojicu, ktorá vás dovedie k dokončeniu úrovne v Super Portal Maze 3D.
