V hre Kingdom of Ninja sa vydáte do kráľovstva, kde žijú bojovníci ninja. V posledných rokoch sú zlé poveternostné podmienky a úroda dáva veľmi málo a začali sa objavovať aj krvilačné príšery. Situáciu sa rozhodol napraviť sám kráľ, pretože je zodpovedný za životy svojich obyvateľov. Aby to urobil, bude musieť zostúpiť do katakomb pod mestom, pretože práve odtiaľ sa v noci začali vynárať tvory temnoty. Okrem toho sa v prastarých zvitkoch dočítal, že v týchto labyrintoch sú ukryté staroveké poklady a ak by sa všetky pozbierali, zlé kúzlo by bolo rozptýlené. Budete sprevádzať svojho hrdinu, ktorý vyzerá ako čierny štvorec s červeným pásikom na očiach. Aby splnil všetky podmienky z dávnych kroník, bude musieť ísť do podzemia neozbrojený a len neuveriteľná obratnosť mu pomôže prejsť všetkými skúškami. Od prvých krokov bude musieť čeliť rôznym druhom nástrah, dieram v zemi a vysokým rímsam. Na niektorých miestach budete musieť preliezť steny, aby ste sa dostali na ďalšie poschodie. Ak sa po ceste stretnete s príšerami, nemali by ste sa ich pokúšať napadnúť, pretože nie je šanca vyhrať bitku. Je lepšie len preskočiť a pokračovať v hľadaní truhlíc s pokladmi v kráľovstve Ninja.
