V ďalekej budúcnosti sa vo svete pixelov objavili zombie po sérii katakliziem a vojen. Teraz hordy živých mŕtvych lovia prežívajúcich ľudí. V Pixel Zombies budete strážiť jedno z ľudských sídiel. Budete musieť zničiť davy zombie, ktoré sa pohybujú v jeho smere. Cesta bude viditeľná na obrazovke pred vami. Zombie sa po ňom budú pohybovať vašim smerom rôznymi rýchlosťami. Budete musieť identifikovať najdôležitejšie ciele a začať na ne klikať myšou. Takto zaútočíte na zombie podľa vášho výberu a zničíte ich. Za každého zabitého nepriateľa získate určitý počet bodov.