Odvážny samuraj menom Kjóto žije vo svete pixelov. Dnes musí náš hrdina cestovať do odľahlých oblastí svojej krajiny a bojovať tam s rôznymi zločincami. V hre mu v tom budeš pomáhať Pixel Samurai. Váš samuraj bude viditeľný na obrazovke pred vami, ktorá sa nachádza v určitej oblasti. Pomocou ovládacích kláves ho prinútite bežať vpred. Pozerajte sa na obrazovku pozorne. Na ceste svojho hrdinu sa objavia rôzne prekážky a diery v zemi. Keď je vaša postava v istej vzdialenosti od tejto nebezpečnej oblasti, budete ju musieť prinútiť skočiť. Váš hrdina teda bude lietať vzduchom cez toto nebezpečenstvo a bude môcť pokračovať v ceste.
