Ninja je bojovník s určitými schopnosťami a bojovým umením. Legendy hovoria o neuveriteľných schopnostiach ninja. Môžu prekonávať prekážky akejkoľvek výšky, stať sa neviditeľnými, doslova sa rozpúšťať v tme. Bojovníci ovládajú rôzne druhy zbraní: meč, nunchucks, nože a šikovne hádžu oceľové hviezdy. V hre Square Ninja bude jeden z hrdinov potrebovať vašu pomoc, dokonca ani jeho schopnosti nebudú stačiť na dokončenie najťažších úrovní. Výzvou je dostať sa k otvorenej bráne. Použite skoky skokom do portálov. Dajte si pozor na stretnutia s mimozemskými bytosťami a kotúčovými pílami na oceľ na námestí Ninja.