Veselý a odvážny inštalatér Super Mario sa dnes rozhodol pomôcť kráľovi a zachrániť princeznú, ktorú uniesol temný kúzelník. Vy v Super Mario Advance mu s tým budete musieť pomôcť. Vaša postava bude viditeľná na obrazovke pred vami, ktorá sa bude nachádzať na určitom mieste. Pomocou ovládacích klávesov ho prinútite bežať vpred a zbierať rôzne predmety a zlaté mince roztrúsené po celom mieste. Na svojej ceste narazíte na diery v zemi a rôzne druhy pascí, ktoré bude musieť Mario pod vašim vedením preskočiť. Narazíte aj na rôzne príšery. Váš hrdina ich môže zabiť, ak im skočí na hlavu. Za zabitie každej príšery vám budú pridelené body.