Na jednej zo vzdialených planét vedci objavili vstup do starodávneho labyrintu. V Shy Eye Labyrinth: The Incredible Mystery budete musieť preniknúť a preskúmať. Samotné bludisko sa skladá z niekoľkých úrovní. Na svoju cestu sa vydáte úplne od prvého. Aby ste sa dostali do druhého poschodia labyrintu, budete musieť nájsť kľúč, ktorý bude ukrytý niekde v žalári. Budete musieť prejsť žalárom a všetko starostlivo preskúmať. Na svojej ceste narazíte na rôzne druhy pascí, ktoré budete musieť obísť. Ak sa dostanete do pasce, zomriete a zlyháte vo svojej misii.