Statečný ninja Kyoto dostal od hlavy svojho rozkazu úlohu preniknúť do stráženého panstva aristokrata a odtiaľ ukradnúť tajné dokumenty. Vy v hre Endless Ninja mu pomôžete dokončiť túto misiu. Vaša postava sa bude pohybovať po ceste a postupne získava rýchlosť. Na svojej ceste narazia na rôzne druhy pascí. Váš hrdina, ktorý sa k nim blíži, bude musieť skákať pod vedením. Takto bude lietať vzduchom cez tieto nebezpečné úseky cesty. Niekedy narazíte na rôzne druhy predmetov a mincí roztrúsených všade. Musíte sa ich pokúsiť zhromaždiť všetky.