Svet želé je obrovský a rozmanitý a medzi nimi je klan ninja bojovníkov. Líšia sa od bežných želé s čiernym obväzom, zatiaľ čo oni sami môžu mať akúkoľvek farbu. Tento klan vás tiež vyzýva v hre Jelly Ninja. Musíte si len vybrať režim hry: na chvíľu alebo proti chybám. Časovaný režim predpokladá, že budete hrať jednu minútu, ale môže to trvať, ak chytíte lietajúci budík. V bezchybnom režime budete hrať, kým mierka na pravej strane nezmení úplne červenú farbu, a to sa stane, ak vynecháte určitý počet želé pred ich odrezaním. Existuje mnoho želé ninjov, ktoré nemožno poraziť švihnutím mečom.
